Saqafi là con gái của Hajj Mirza Tehrani, một giáo sĩ được dân Iran kính nể.[1]Saqafi kết hôn với Ruhollah Khomeini năm 1929, khi bà 16 tuổi.[2] Bà và Khomeini có 7 người con nhưng chỉ có năm người còn sống.[3] Con trai bà – Mostafa, qua đời ở Iraq năm 1977, trong khi con trai thứ hai, Ahmad, chết vì ngừng tim vào năm 1995 ở tuổi 50.

Saqafi, người phần lớn ở ngoài tầm nhìn của công chúng Iran, đã được mô tả là một người ủng hộ mạnh mẽ đối với sự phản đối của chồng bà đối với Shah của Iran. Cựu Tổng thống Iran Akbar Hashemi Rafsanjani, gọi Saqafi là người ủng hộ "gần gũi nhất và kiên nhẫn nhất" cho chồng bà.